Bruce Wayne vigila come Batman sulla città di Gotham City già da due anni. La città è in mano alla corruzione che dilaga tra le più alte cariche della città e per questo Bruce Wayne deve essere cauto e non fidarsi facilmente. Dalla sua parte ha sempre il fidatissimo Alfred e può contare anche sul tenente James Gordon. Il vigilante, però, non immagina che il nuovo e pericoloso killer, L'Enigmista, che semina il terrore a Gotham con indovinelli e inganni, conosce la sua identità tanto da spargere qua e là indizi ed enigmi proprio sulla sua famiglia. Indagando sul criminale nei bassifondi, Batman si imbatte in una serie di personaggi, come l'affascinante Catwoman, Il Pinguino e il boss del crimine Carmine Falcone. Le indagini che condurrà, però, lo porteranno a scoprire qualcosa che ha sempre ignorato sulla sua famiglia e per sconfiggere il male e avere finalmente vendetta, questa volta l'Uomo Pipistrello dovrà stringere nuove alleanze.